Si atendemos a su estructura, la Iglesia es un edificio de grandes dimensiones y una considerable altura destacando el elevado campanario visible desde muchos puntos de la localidad.

Es de una sola nave con bóveda de cañón y presenta capillas a ambos lados. Tiene un estilo ecléctico, mezcla de diversas influencias de la que destaca la clasicista vigente de ll arquitectura española posterior a la última guerra civil.

A la izquierda del ábside, de forma semicircular, se encuentra la capilla del Santísimo donde se encuentra la imagen de Nuestra Señora de Villajos (talla en madera del siglo xiii, durante la restauración del Santuario del Santísimo Cristo de Villajos).

En su interior, además de las vidrieras de los extremos del crucero, que representan a Santo Tomas de Villanueva y a San Juan de Ávila, son de interés dos tallas escultóricas en madera: la llamada virgen de Villajos de finales del siglo XIII y el Cristo de la Expiración. Ésta última de Juan Cristóbal, artista del siglo XX. Así mismo, merece la atención del visitante las pinturas que decoran el altar mayor del pintor Isidro Antequera y las sencillas y decorativas cenefas del pequeño ábside de Francisco Valbuena hijo.